简介 ：一种由变异的外星病毒发展而来的新的、暴力的外星人在亚利桑那州四处游荡。穆德和斯库利被调离X-files，而特工斯彭德和福雷成为负责X-files的新特工。穆德和斯库利未经允许就去亚利桑那州寻找这个新的外星人。

简介 ：继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越…

简介 ：穆德一心想从外星赏金猎人手中救出杰里迈亚-史密斯，原因无非是他希望史密斯能救出他患严重中风的母亲。史密斯把他带到了阿尔伯塔省的农村，在那里他发现了阴谋的另一个方面：蜜蜂可以授粉的田地被孩子们照看着，其中有几个孩子与他姐姐在12岁时被绑架时一模一样。同时，斯卡利认为她已经找到了天花疫苗接种和她所找到的加密文件之间的联系。

简介 ：一场对穆德探员的狂热追捕正在进行，更重要的是，政府想要他携带的数据带。斯库利探员不顾一切地寻找他的下落，在所有其他人都否认的情况下坚持认为他还活着。

简介 ：随着他的主要线人的死亡和X档案的关闭，穆德发现自己被重新分配到普通的FBI职责。他确信自己被跟踪了，他的谈话被监听了。穆德很快就消失了，并前往波多黎各，那里的阿雷西博的巨型无线电通讯天线最近被关闭了。他在那里发现了证据，并有一次亲密接触，但斯卡利已经追踪到他，他们设法在军方到达时逃跑。

简介 ：两名联邦调查局特工福克斯-穆德和达娜-斯库利在局里一个名为X档案的非指定部门工作，调查涉及无法解释的超自然现象的案件。穆德是一个真正的信徒，而斯卡利是一个怀疑论者，他们从科学和超自然现象的角度来看待他们的案件。

简介 ：亚当和杰米继续他们的科学探索，测试好莱坞的汽车特技和爆炸场面，高空飞行神话背后的物理学，包括蹦极时摇晃苹果和在飞机上打网球，以及涉及真空吸尘器和热水器爆炸的家庭神话。

简介 ：布莱恩和乔恩测试了汽车安全气囊是否会对乘客造成致命的伤害，如果这个人的脚放在仪表板上的话。在第二个测试中，他们研究了延迟因果关系。