简介 ：全国紧急事情发生！ “紧急接近下！这艘船可能放置了爆破物……”京都舞鹤港湾的晨曦，出现了一艘身份不明的船只，遗留在船上的档案及物品经查发现全部皆非来自日本国内。此一新闻的报导，让日本全国陷入恐慌。 突然遇袭的日本海上护卫舰“宙斯盾舰”！ 柯南、小兰、毛利小五郎以及少年侦探团等人，一同参加了宙斯盾舰的体验航海活动，在日本海上自卫队员的示范下，亲眼见识到气势非凡的空中对战演习。这时候，神秘的敌军突然来袭，演习旋即变成了真实的激烈对战!小兰与少年…

简介 ：毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了。“蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……”——根据犯人寄来的挑战书，若不能解读谜之暗号，便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，却完全找不到破解暗号的方法。而正当柯南与灰原哀和少年侦探团一起、沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中的时候，得知了威胁电话的事情，为了解读暗号柯南独自一人离开了球场，却得知了无人能够阻止的恐怖事实。

简介 ：朝仓都知事收到一封神秘的恐吓信，内容为：“对于你那4年执政中桀骜不驯的态度，上天将给予惩罚！”。隔天，由都知事主导开通的新地铁隧道遭到炸毁。虽然多亏柯南知道恐吓信而使得这次爆破事件没有人员伤亡，但是夺取都知事性命失败的犯人势必将再次犯案，并带来更大的灾害，调查朝仓都知事历年事政的柯南，察觉到极有可能是在国土交通大臣时代所推动的大坝建设案中，怀有恨意的犯人就在那相关关系人等之中，因此决定进行深度搜查。 因为大坝的建造，沉入湖底的新潟县北泽村…

简介 ：铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致…

简介 ：以东京为中心发生六件大范围的连续杀人事件，引起警政高层的重视，柯南意外地发现“黑色组织”涉及整个事件! 如果他们知道工藤新一还活着的话，那么新一与柯南的伙伴们会不会一并遭到追杀?! 知道事态危险的柯南又如何独自展开搜查..

简介 ：最近发生一连串音乐家遭到杀害的事件，而所有被害者生前都曾在某个知名钢琴家所举办的音乐学校上过课。某日，柯南一行人受邀前往参加这位钢琴家所兴建的音乐厅之落成纪念音乐会，在这场世界著名音乐家云集的音乐会中，最受瞩目的主角是一名天才女歌手，没想到却传出有人企图暗杀这名女歌手的消息；虽然柯南在千钧一发之际出手相救，让她得以躲过杀手的暗杀，但犯人并未就此放弃，反而将欲杀害的目标转移到柯南等人身上。犯人的魔掌不断朝着柯南等人伸出，他这么做的目的，难…

简介 ：开场由警官驱车追捕两个抢超市的罪犯，佐藤美和子警官用高超的驾驶技术迫使罪犯的汽车翻车，当问及作案动机时，罪犯吐出在神海岛上有“Jolly Roger”。 而柯南他们前往位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古流传着一则有关于沉没在海底的古代遗迹“海底宫殿”，以及300年前实际存在的女海盗“安·宝尼”、“玛丽·丽德”所遗留下来的宝藏传说。 在毛利小五郎的带领下，小五郎、小兰、园子、阿笠博士、少年侦探团一行人来到神海岛。小兰与园子在海底宫殿附近海…

简介 ：“我想请你们帮我解决某起事件，但如果你们失败的话……” 在神秘委托人的招待下，小五郎与柯南一行人来到了神奈川县横滨市。一行人受邀来到一座游乐园，没想到却掉入神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团，也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。 “你能了解失去心爱的人，是什么样的心情吗？工藤。” 这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是……就在同…